孫星衍對於古文尚書被東晉梅ㄗㄜˊ﹔ze賾所獻的《古文尚書》，心存疑問、多有批評。因此在刑部為官的時候，就開始著手收集《古文尚書》的資料，為《尚書今古文注疏》的撰寫打下基礎。

　　今、古文尚書之紛亂實際上導因於漢代，漢代以隸書寫定，立學官由伏生講授的《今文尚書》，與漢代出土，由蝌蚪文寫成的《古文尚書》，何者為正宗的爭議一直沒有停過。各有所散佚後，在東晉又有梅賾獻上朝廷的《古文尚書》五十八篇。此後《古文尚書》內容的珍位等疑義，千百年來纏訟不絕，難有公斷。因此孫星衍才會致力於著《尚書今古文注疏》，為的就是要處理這長久以來的問題。

　　在孫星衍之前有閻若璩的《古文尚書疏證》，閻氏之書在《尚書》學上雖備受推崇，但其重點主要放在辯證《古文尚書》之為偽書，內容多是舉證，成就上也就較偏向於考據，於注疏上的闡發就有其限度。

相對於閻若璩，孫星衍的《尚書今古文注疏》重點就並非放在考據，而是將重點轉到對今、古文尚書內容的注疏之上。《尚書今古文疏證》的完成，代表了《尚書》學的成熟與完備。《尚書今古文注疏》與《古文尚書疏證》，可說是《尚書》學史之雙璧。

　　《尚書今古文注疏》卷首有序並凡例。經文依孔穎達《正義》本，參用了《唐開成石經》，並注明今古文文字之間的異同。以《史記》、《尚書大傳》馬融、鄭玄說為底本，收錄了《尚書》散佚古注。又仿照《詩》疏的體例，遍採漢魏以來到隋唐諸家得舊注，只不取宋以來諸人之注。於清代部分，則又多采清人王鳴盛、江聲、段玉裁、王念孫父子諸儒《書》說，納其所長，多所刪削再作疏，使《尚書》今古文注疏趨於完善。在編次上即從＜堯典＞、＜皋陶謨＞、＜禹貢＞而下，大抵依《尚書》編次作疏。

此書寫於乾隆五十九年（1794），到嘉慶二十年（1815）完成，耗時二十二年而成，收於《皇清經解》中，流傳的本子有《平津館叢書》本、《皇清經解續編》本與《萬有文庫》本。

撰稿人：李慈恩