當大成殿、儀門、崇聖祠三大殿與東廡、西廡落成之後，因捐款頓挫，財政拮据，工程終止達5年之久。到了民國24年（1935年，昭和9年），臺北士紳黃贊鈞及辜顯榮等人又倡議復工，再行勸募。於是再採購材料，招聘工匠續建。
此時原來的設計師王益順已經回泉州逝世，續建的工事乃另聘臺灣本地的匠師來完成。先築櫺星門，再建禮門、義路、黌門、泮宮、泮池及萬仞宮牆。
至民國28年（1939年，昭和14年），全部告竣，形成今天所見的宏整規模。總計前後募款2次，計費26萬多元（當時日圓），總面積達四千一百六十八坪，建築面積佔一千六百坪。
啟用數年後，因二次世界大戰，日本人勒令廢止中國古式的祭典，禮樂改用日式靖國神社之神樂。不久之後，民國34年（1945年，昭和20年）臺灣即光復了。