民國前17年(1895年，明治28年)~民國34年(1945年，昭和20年)是日本軍國主義高張的時代，孔廟不被重視，且因為皇民化活動及戰爭，致使孔廟受到破壞，如臺南孔廟被充當日軍屯駐所及公學校，使臺灣孔廟和廟學度過50年暗淡時期。這時期的孔廟，大都是民間私人所興建。這些孔廟的建築形式、規模、祭祀都與前期有異。這時期所建孔廟有：屏東孔廟（民國前17年,1895年，明治28年）、羅東孔廟(民國前12年，1900年，明治33年)、苗栗象山孔廟(民國前11年，1901年，明治34年)、埔里孔子廟(民國15年,1926年,昭和元年)、日月潭文武廟(民國23年，1934年，昭和9年)、臺北孔廟現址(1939年)等。

	屏東孔廟 官立 屏東市勝利路38號 前身是「屏東書院」，於嘉慶二十年（1815年）鳳山知縣吳性誠命歲貢生郭萃、林夢陽所建。民國前17年（1895年，明治28年），日人將書院改為孔子廟，祀大成至聖孔子，配祀四配及周子、二程子、張子、朱子五大宋儒。
	羅東孔廟 私設 宜蘭巿羅東鎮漢民里北成街8-2號 清同治元年（1862年，文久2年），仕紳黃永在等人共同出資，以寓教於崇聖祭祀為宗旨，創設「文宗社」，為奉祀孔子配以倉頡及周濂溪等先賢之祭祀公業。民國前12年（1900年，明治33年），依原始所定宗旨，創建「聖人祠」於羅東鎮義和里義和巷二十號（現日新戲院址），即舊羅東孔子廟，為閩南式建築，並敦請三星秀才黃熾駐廟講授經籍，為地方唯一文廟建築。
	苗栗象山孔廟 私設 苗栗縣頭屋鄉象山村孔聖39號 又名象山書院、玉衡宮，是這時期少數創設的書院。
	埔里孔子廟 私設 初建於民國前1年(1911年，明治44年) 南投縣埔里鎮清心里南興街381號 埔里孔子廟又名育化堂、昭平宮。
	日月潭文武廟 私設 南投縣日月潭北面山腰上 民國27年(1938年,昭和13年)完工，合祀孔子、關帝，一文一武稱為文武廟。
	臺北孔廟現址 私設 臺北市大同區大龍街275號 由臺北士紳黃贊鈞、陳培根、辜顯榮等人邀請官紳商賈二百多人集會，議決建廟。