方以智，字密之，號曼公，又號鹿起，別號龍眠愚者，安徽桐城人，生於明神宗萬曆三十九年（1611年），卒於清康熙十年（1671年），明末清初著名的思想家、文學家，明亡後成為遺民，曾參加抗清活動，兵敗後逃禪，改名大智，字無可，別號弘智，人稱「藥地和尚」。他的名字，是祖父方大鎮取自《易傳》的典故：「蓍圓而神，卦方以智。藏密同患，變易不易」而來。
　　方以智來自一個累世以忠孝傳家的名門望族，他的先祖方法，是明代建文弟時的進士，出於方孝孺的門下，在靖難之變後，不願背棄建文帝與方孝孺的知遇之恩而苟活於世，因此，與家人登舟至安慶，自沈於望江，可說是個極有氣節的文人，他的節義之行也影響了方門一族的家風。方以智的祖父，曾於明朝萬曆年間任職大理寺少卿，在他為官期間，倡導理學不遺餘力，與當時的東林學人，皆有往來，治《易經》、《禮記》，卓然有成，可惜後來受到東林黨爭的牽連，只好被迫稱病回鄉。父親方孔炤，則是萬曆四十四年的進士，累官至湖廣巡撫，對於醫學、地理、軍事，無所不通，著有《全邊略記》等書。在他於湖廣巡撫任內，適逢張獻忠之亂，方孔炤力主剿滅，與張獻忠八戰八捷，最後因援軍不治而功敗垂成。崇禎皇帝問罪於孔炤，下旨處死，當時，方以智正好在京師參與殿試，得知噩耗後，乃為父申冤，崇禎感其孝心，終於在十四年時釋放方孔炤。方孔炤獲釋之後，雖復職以都察院右僉都御史，降級戴罪總理河北山東的屯務，卻又遇上李自成攻陷北京，崇禎皇帝自縊於煤山的國變，復有當今學者「不講實學」、「不達時變」之嘆。祖、父兩代在仕途上的境遇，都對方以智的思想產生衝擊性的影響。
　　方以智從小就展現出他聰穎的天資，不論是經史子擊、琴棋書畫皆能精通，他年少時曾隨其父宦遊於四川、福建、與北方諸省，歷覽名山大勝、京華勝地，博覽西學講論，這些特殊的際遇，也是造成他往後的學問，能夠貫通古今中西的重要因素。在他青年時期，曾經拜白瑜與王宣為師，白瑜品行卓犖，講學反對王學後期的空疏，「所讀必周秦之言，所賦必漢魏之詩」，方以智受業於他的門下，對於其師的學行甚為推崇。王宣則是擅於易象與科學，著有《物理所》一書，是方以智在物理學上的啟蒙老師。除此之外，崇禎初年，方以智在其父所建的澤園中，成立了「澤社」，與家族中的一些文人雅士、錢澄之、周岐等人來往唱和，不僅談論學術，也議論天下大事。崇禎七年，桐城發生了民變，正好是方孔炤丁父憂在家期間，身為朝廷命官，方孔炤站在朝廷這邊，與這些人民對抗，導致最後，他們連自己的家鄉也無法繼續待下去，只得被迫離開世居之地，舉家搬遷至金陵。金陵本為人文薈萃之地，他在這裡結交了黃宗羲、陳貞慧、冒襄、侯方域等名士，尤其與黃宗羲相友善。除此之外，他還結識了西洋傳教士畢方濟，從畢方濟互相問學，得知許多西學的知識，此時他的學術，尚以寫作詩詞與策論為主。
　　崇禎十二年，方以智中舉，隔年至北京參加會試，成進士，官至翰林院檢討，一直到崇禎十七年，李自成攻陷北京為止，方以智在朝廷任官五年，雖曾上策想要力挽日漸頹壞的國勢，然而礙於崇禎皇帝的性格，始終無法令他的政策得以實現。等到崇禎自縊於煤山，方以智還試圖與孫奇逢聯合太子監國，繼續抵抗叛軍，終究是孤掌難鳴，最後還被叛軍抓去，史書形容他被抓住後，「加刑毒，兩髁骨見，不屈」，雖然飽受折磨，方以智堅守他忠君之心，不肯屈服，最後歷經萬難才逃了出來。
方以智與妻子倉皇南奔，希望能投靠福王，以求領兵北伐，收復江山。無奈，此時的南明政權依舊籠罩在黨爭的陰影之下，尤其是阮大鋮當權，阮氏早年與方以智有嫌隙，此時趁機羅織罪名，以「降賊」之名問罪於方以智，欲陷他於不義，使得方以智不得不改名換姓，倉皇逃出南京，輾轉到達廣州避難，隱於市集中賣藥為生。後來，由於瞿式耜的延請，原本對政治已心灰意冷的方以智，又再度為南明效力，在永曆時期，延聘方以智為經筵講官，並為之起草監國詔書，後被太監王坤誣劾免職，「西南更望層雲黑，誰把新亭淚眼看」，道出了方以智對於南明政權的失望。
　　順治十年，他正式出家，由一名原本意氣風發的世家子弟，一變而為長伴青燈古佛的佛門子弟，令人感到不勝欷噓，他的故友陳貞慧之子，也是著名的詞人陳維崧，曾經描述他與此時的方以智見面的景況：「當時秣陵全盛時……密之先生衣紈縠，飾騶騎，鳴笳疊吹，閑雅甚都，蓄怒馬桀黠之奴帶刀劍自衛者，出人常數十百人，俯仰顧盼甚豪也。……曾幾何時，而先生已僧服矣。崧再過竹關（指金陵高座寺）而先生念故人子，必強飯之，飯皆粗糲，半雜以糠秕，蔬菜尤儉惡，為貧沙門所不堪者，而先生坐啖自若，飯輒盡。」對比當年方以智冠蓋京華的風采，與今日安貧若素的淡泊襟懷，時移物換，讓人有忽忽如隔世之感！這時期的方以智，為學則致力於融合三教之說，尤其他本為儒生，因此主張將三教歸儒，尤其他的家學以《易》為宗，他將《易》學與佛、道思想融合，以「通相為用」，形成他獨創的「中五說」和「公因反因說」。
　　康熙十年，發生了牽連甚廣的「粵案」之難，清朝大動作的搜捕反清志士，方以智也被牽連其中，最後於江西被捕殉難。關於他的死因眾說紛紜，有學者認為他是由於背部生癰，故病逝於押解的途中，此說法為大部分的學者所接受。而現代的學者余英時則認為，方以智是在被押往廣東的途中，行至江西萬安縣的惶恐灘頭，想起前朝文天祥的事：「惶恐灘頭說惶恐，零丁洋裡嘆零丁。人生自古誰無死,留取丹心照汗青。」因而悲從中來，自沉於江殉國。
　　《清史稿》本傳記載：「以智生有異秉，年十五群經子史略能背誦。博涉多通，自天文、輿地、禮樂、律數、聲音、文字、書畫、醫藥、技勇之屬，皆能考其源流，析其旨趣。」可謂一名通學之士，他在學習傳統中國的學術時，也不忘向傳教士取經，因此，他在自然科學上卓然有成，他接受近代西方的科學知識，並不盲從，常以實驗驗證，糾正西學認識錯誤的地方。
方以智一生的著作頗多，然而，由於他被冠上「反清」的標志，有許多著作在清廷的禁毀之下，至今已不得見。方以智逝世以來，他的著作在社會上流通而為人們熟悉的是《通雅》、《物理小識》、《藥地炮莊》等，常被清人引用。目前他的著作尚有全本或殘本流傳的著作，主要有：《物理小識》、《通雅》、《浮山文集》、《博依集》、《膝寓信筆》、《東西均》、《藥地炮莊》等等，以及其他尚未刊印或僅有孤本流傳的著作。