由於孔子的重要地位，漢代以降，歷代都以尊奉孔子後裔、維繫聖人血脈，做為彰顯學統不墜的重要象徵。因此孔氏譜系從春秋記錄至今，是金氏世界紀錄中「世界最長的家譜」。宋神宗元豐年間以前的孔氏家譜，只記載了嫡系（長子）的傳承，至四十六代孔宗翰才創修族譜。明孝宗弘治年間續修，當時還規定以後每六十年（逢甲子）一大修、三十年一小修，然而後來並未遵守，有明一代其後僅有熹宗天啟年間的續修；清代也只有聖祖康熙、高宗乾隆兩朝再度續修。

由於孔氏子孫日益繁衍，為了便於區別輩份，孔氏自明惠帝開始，便依據固定字序取名，自五十六代至一百零五代所排定的字序為：「希言公彥承、宏聞貞尚衍、興毓傳繼廣、昭憲慶繁祥、令德維垂佑、欽紹念顯揚、建道敦安定、懋修肈懿長、裕文煥景瑞、永錫世緒昌」，這五十字是明代以後修譜排定輩序時的重要依據。

下至民國，十七年時，孔家倡議重修「合族大譜」，由七十七代嫡長子孔德成主持，於民國二十六年完成，雖歷經抗戰動亂，召集纂修不易，但也有三百二十五部之多，並收入不少本失聯繫的支脈。

民國八十年代間，重修之議復起，至民國八十五年，七十七代孔德墉銜命主持家譜續修，組織孔子世家譜續修工作協會，於民國九十八年完成，由文化藝術出版社在北京出版。為免誤收，歷來修譜時都很注重入譜身分的限定，主要是防異姓血脈雜入譜中。不過，因應時代變遷，孔德墉譜對於入譜身分有重要的變革：將女性、少數民族、及外籍後裔均納入譜中。因此本譜比孔德成譜的卷秩更為繁浩，但也展現出孔子後裔開枝散葉的景象。

根據孔德墉譜，孔子的後裔已經繁衍至八十三代，嫡系目前到第八十代，為民國九十五年出生的孔佑仁。

單以嫡系家譜來說，雖然例由嫡長子相承，但是其中也有多次變動。最特殊的一段是四十八到五十三代間分出的南北兩宗。時值北宋欽宗靖康年間，金兵南下攻陷汴京，嫡長子孔端友率族人隨宋室南渡，在南方（今浙江）建立家廟，是為南宗；其弟孔端操留於曲阜祖廟，是為北宗。元朝統一後，南宗五十三代孔洙讓位給北宗孔治，於是傳承回歸一系。

至於其他變動的原因，一則是嫡長子無子：三十二代、四十六代、北宗五十代，皆因嫡長子無子而改傳嫡次子（或前代嫡次子之長子）。其二則是政治因素：四十七代孔若蒙及六十一代孔弘緒的爵位被廢，改由其弟嗣位，後來才又回傳給其嫡長子。另外也有血脈認定的問題。

由於自漢以後，官方慣例會册封孔氏的嫡長子（參見嫡系後裔褒賜表），不僅有爵位，也有采邑或俸祿，不免引起覬覦。在四十二代孔光嗣至四十三代孔仁玉之間，曾引發一場孔氏家族的屠殺。此事源起於南朝宋時，朝廷令孔府墓地旁的五戶人家充任孔府ㄧㄠˊㄧˋ﹔yao　yi　。 舊時官府指派成年男子義務性的勞役，包括修城、鋪路、防衛鄉里、戍守邊疆等工作。繇役，這五戶人家因而隨姓孔，到了五代十國時期的後梁乾化年間，五戶的後裔孔末見天下大亂，遂殺害孔光嗣及曲阜闕里的孔氏後裔，自行主孔子祀。直到十數年後，才有人將孔末竊位之事報告官府。後唐明宗處死孔末，並尋回匿於外祖父母家的光嗣嫡子孔仁玉嗣位。因此，孔仁玉亦被稱為「中興祖」。宋以後，孔仁玉之後被稱為「內（院）孔」、「真孔」，孔末之後則被稱為「外（院）孔」、「偽孔」，兩方仍持續發生爭鬥。這也就是後來修譜時格外防範雜入的原由。

◎孔氏譜系簡表