臺灣第一座孔廟興建於臺南 (現址臺南市南門路2號)，是鄭成功之子鄭經主政時期，於永曆20年（西元1666年），參軍陳永華在臺南府城興建，又稱全臺首學。
建築物以祭祀孔子的「先師聖廟」為主體，旁設「明倫堂」。康熙23年(1684年)臺灣納入清廷版圖，由巡臺厦兵備道周昌等捐銀整修，改名「先師廟」，題康熙御書「萬世師表」匾額於正殿中。乾隆42年(1777年)再重修，購買泉州石材，延聘當地名師精雕細琢，再運來組合安裝，增設泮宮坊、府學署等，而使臺南孔子廟燦然大備，是臺南孔子廟的全盛時期。其後陸續修建，增置禮器、樂器、文物、及美化園林等。民國前25年(1887年，明治20年)臺灣建省，改為三府、一直隸州、十一縣、三廳，原臺灣府改名臺南府，臺灣府學改名臺南府學。
日治時期，臺南孔子廟被充當日軍屯駐所及公學校，孔廟不再受重視而趨荒廢。二次大戰末期，臺南市被炸，孔廟嚴重受損。臺灣光復後，政府集資多次修葺增建，終使臺南孔子廟恢復舊觀，且更輝煌亮麗。1982年政府公佈臺南孔子廟為「一級古蹟」，列為最珍貴的建築文化財。